Boutique Hotels in Rethymno vereinen venezianische Altstadt-Architektur mit modernem Komfort. Die meisten Unterkünfte liegen in der Altstadt oder direkt am Strand, oft in restaurierten Herrenhäusern. Gäste erwartet eine gehobene Ausstattung: Pools, Spas, Dachterrassen mit Whirlpool und regionale Frühstücksoptionen. Die Preisspanne reicht von etwa 80 € pro Nacht in der Nebensaison bis über 250 € für Luxus-Suiten. Wer mit dem Auto anreist, sollte frühzeitig Parkplätze buchen, da die Altstadt weitgehend autofrei ist.
Top bewertet sind das Avli Lounge Apartments (94 Punkte) mit historischem Ambiente, 460 Weinsorten und Whirlpool auf der Dachterrasse. Das Rimondi Boutique Hotel - Small Luxury Hotels Of The World (90 Punkte) bietet einen Pool, türkisches Bad und luxuriöse Suiten. Das Swell Boutique Hotel (90 Punkte) punktet mit Strandzugang, Spa und Coco-Mat Matratzen. Casa Dei Delfini (95 Punkte) begeistert als venezianisches Herrenhaus mit Selbstverpflegung. Auch das Fortezza Hotel (86 Punkte) überzeugt durch zentrale Lage in der Altstadt und privaten Parkplatz.